By uruchomić narzędzie wymazywania klikamy ikonę
(„Gumki”) w panelu „Narzędzia” lub wybieramy klawisz – „E”.
„Gumka”, analogicznie jak kilka innych narzędzi, wymaga określenia szerokości wymazywania (w pikselach), którą ustalamy w wybierając z dostępnej na pasku menu narzędzia listy, rozwijalnej konkretną wartość (od 1 do 500 pixeli).

Możemy też klikać na widoczne tam ikony plusa/minusa lub wreszcie użyć skrótów klawiaturowych.
„Ctrl” z klawiszem „ ] ” zwiększa szerokość wymazywania o 5 pikseli za każdym naciśnięciem, a z klawiszem „ [ ” ją zmniejsza o 5 pikseli.
Możemy ją osiągnąć poprzez zmianę stopnia przezroczystości „koloru wymazywania”.
„Gumka” zachowuje bowiem ogólną zasadę Paint.Net-a - lewy klawisz odnosi się do koloru podstawowego, a prawy do koloru pomocniczego.
Mimo że w działaniu „Gumki” nie ma znaczenia kolor, który ustalimy jako „Podstawowy” czy „Pomocniczy”, to uwzględniony zostanie ustalony dla nich stopień przezroczystości, w postaci zmiany natężenia intensywności wymazywania.
Tym sposobem możemy sobie ustalić dwie intensywności wymazywania - jedną dostępną lewym, a drugą prawym klawiszem.
Zmianę stopnia przeźroczystości koloru wykonujemy w module „Kolory” rozszerzając go przyciskiem „Więcej >>” i ustalając odpowiednią wartość suwakiem lub konkretnym parametrem liczbowym. Więcej na ten temat na stronie opisującej moduł „Kolory” »
Wyżej przykłady wymazywania z użyciem różnych ustawień przezroczystości.
Kolejne paski od lewej mają ustawioną przezroczystość na: 30, 10, 5, 2, 1.
Oczywiście siła wymazywania zwiększa się gdy "wycieramy" gumką wielokrotnie na tym samym obszarze - widać to na przykładzie plamki po prawej stronie, która zostały dość mocno wytarta mimo ustawienia przezroczystości na 1.
Niżej ten sam rysunek tak jak go zobaczymy w trakcie edycji w Paint.Necie, a nie jak wygląda po zapisaniu i wyświetleniu na białym tle strony.
Przezroczystość jest sygnalizowana szaro-białą szachownicą.
Dolna grafika ilustruje przy okazji różnicę pomiędzy funkcją wymazywania w Paint.Necie i w systemowym Paint-cie, w tym ostatnim wymazywanie jest realizowane przez zamalowywanie grafiki na biało.
Paint.Net usuwa wszelki kolor.
W narzędziu „Gumka” dostępna jest także, standardowa opcja „Wygładzania”
(antyaliasingu - wartość domyślna) oraz możliwość jej wyłączenia
.
Domyślnie włączone wygładzanie zmiękcza nieco krawędzie wymazywanych obszarów.