Moduł Warstwy
Podstawowe informacje
Trudno przecenić zalety warstw, można wręcz powiedzieć, że programy bez tej funkcjonalności są jedynie prostymi retuszerami zdjęć i grafik, a nie programami graficznymi pełną gębą.
Warstwy pozwalają bowiem na niezależną edycję różnych elementów grafiki.
Oczywiście elementy te muszą zostać umieszczone na osobnych warstwach od samego początku, bardzo trudno bowiem „rozwarstwić” grafikę rastrową (a z taką mamy do czynienia) w trakcie pracy.
Dlatego gorąco zachęcam by tworząc poszczególne elementy grafiki umieszczać je na osobnych warstwach, nawet jeśli nie planujemy ich niezależnej edycji. Nigdy nie wiadomy czy nie zmienimy zdania.
Podobnie jak inne programy, Paint.Net zapisuje pliki z warstwami w swoim własnym formacie .pdn. Więcej na temat formatu zapisu pliku z warstwami na stronie Formaty i opcje zapisu plików »
Wyświetlanie i wyłączanie modułu - klawisz „F7” lub z menu głównego „Okno” > „Warstwy”
Tworzenie, włączanie, usuwanie warstw
Widok modułu z włączonymi trzema warstwami.
Pierwotną warstwą jest „Tło”, kolejne są tworzone z (domyślną) stuprocentową przeźroczystością.
Warstwa aktywna (tutaj „Warstwa 2”) jest wyróżniona - jak na przykładzie.
Tu grafika, na którą składają się owe trzy warstwy.
Włączanie i wyłączanie warstwy wykonujemy, widocznymi po prawej stronie czekboksami - jak na przykładzie.
Warstwa wyłączona może być warstwą aktywną tzn. warstwą na której operujemy narzędziami do edycji warstw.
Tu efekt wyłączenia widoczny w edytowanej grafice.
Funkcje edycji warstw wywołamy za pomocą widocznych u dołu modułu „Warstwy” ikon (wszystkie one mają swoje odpowiedniki w skrótach klawiaturowych).
I tak:
- Nowa warstwa
lub „Ctrl” + „Shift” + „N” - Usuwanie aktywnej warstwy
lub „Ctrl” + „Shift” + „Del” - Duplikowanie aktywnej warstwy
lub „Ctrl” + „Shift” + „N”
Łączenie warstw
Możemy je wykonać za pomocą funkcji „Połącz w dół” - skrót „Ctrl” + „M” lub ikona 
Jak na to wskazuje nazwa funkcji, nie możemy wykonać tej operacji na warstwie, która znajduje się na samym dole modułu (i widoczności) czy dowolnie łączyć warstw przedzielonych innymi, bez uprzedniego modyfikacji ich kolejności.
Warstwy zostaną połączone także wtedy gdy któraś z nich będzie wyłączona. Jeśli wyłączoną warstwą będzie dolna, ich suma także uzyska status wyłączona, jeśli górna suma będzie widoczna.
Powyższa metoda łączy warstwy kolejno jedną po drugiej.
Użycie skrótu „Ctrl” + „Shift” + „F” (lub z menu głównego „Obraz” > „Spłaszcz”) łączy wszystkie utworzone warstwy jednym poleceniem.
Zmiana kolejności warstw
Kolejność warstw możemy zmieniać za pomocą strzałek 
„Góra” - 
„Dół”
Kolejność warstw ma oczywiście znacznie nie tylko przy ich łączeniu ale przede wszystkim dla ich widoczności na pulpicie roboczym i co najważniejsze dla efektu końcowego.
Zgodnie z intuicją, warstwy które są w module ustawione wyżej przykrywają te które są ustawione na dole (uwzględniając oczywiście obszary całkowicie lub częściowo przeźroczyste).
Import pliku do warstwy
Możemy także utworzyć warstwę poprzez import wybranego pliku.
Służąca temu funkcja 
„Importuj z pliku...” jest dostępna wyłącznie z paska menu „Warstwy” > „Importuj z pliku...”
Importowany plik będzie dosunięty do lewego górnego rogu grafiki, a jeśli importowany obrazek jest większy od naszej grafiki jej obszar roboczy zostanie odpowiednio zwiększony.
Właściwości warstw, tryby mieszania
Formatkę „Właściwości warstwy” wywołujemy klawiszem „F7” lub odpowiednią ikoną 
z menu moduły „Warstwy”
Formatka ta pozwala zdafiniować cechy wskazanej w module warstwy: „Nazwę”, „Widoczność” (tak/nie), „Krycie” (czyli przeźroczystość) w skali od 0 (całkowita przeźroczystość) do 255 (brak przeźroczystości) oraz „Tryby mieszania” warstw.
Tryb mieszania wymaga nieco dokładniejszego przedstawienia, za przykład niech posłuży wcześniejsza grafika z nałożoną, jako czwartą, warstwą fragmentem „Wesela chłopskiego” Pietera Bruegel-a (starszego).
Dostępne tryby (lista rozwijalna w formatce „Właściwości warstwy”) to:
Normalny, Mnożenie, Dodawanie, Wypalanie, Unikanie, Odbicie, Blask, Pokrycie, Różnica, Negacja, Jaśniejsze, Ciemniejsze, Ekran, Xor
Niżej listy tych trybów, już z efektami jakie wywołują.
Normalny
Mnożenie
Dodawanie
Wypalanie
Unikanie
Odbicie
Blask
Pokrycie
Różnica
Negacja
Jaśniejsze
Ciemniejsze
Ekran
Xor
Pozostałe operacje na warstwach (niedostępne z „Modułu Warstwy”).